Az Egyetemi templom első orgonája a templomépítés teljes befejezése után kb. 15 évvel, 1791-ben készült el. Ez az orgona 2 manuálos, pedálos, mechanikus csúszkaládás orgona volt. A pálos időkre emlékeztet a mellvéden lévő eredeti barokk orgonaszekrény. Sajnos az idők során az eredeti orgona sípjai teljesen elpusztultak, elvesztek, és a diszpozíció (regiszter hangkép) sem maradt fenn.
Az első nagy bővítés az 1910 években kezdődött el és 1915-ben fejeződött be. Ennek eredménye a hátsó szekrényben található halamas orgona, melynek diszpozicióját Zalánffy Aladár orgonaművész tervezte és magát az orgonát a Rieger Orgonagyár épített. Az új neobarokk orgonaszekrényt Foerk Ernő tervezte. Az akkor elkészült orgona 3 manuálos, pedálos, pneumatikus rendszerű volt és 57 normál regiszterrel (hangváltozattal) rendelkezett. Az elülső, eredeti, késő barokk orgonaházat ekkor nem építették be.
További kisebb helyreállítási és állagmegóvási munkákat ezután is végeztek az orgonán. A második világháború alatt, 1941-42-ben, került sor az orgona részleges korszerűsítésére és a hangkép kisebb mértékű átalakítására, melyet Gergely Ferenc orgonaművész tervei alapján végeztek. Ez elsősorban az azonos jellegű és erősségű sípsorok (regiszterek) átalakítását jelentette. A cél az volt, hogy az adott lehetőségek keretein belül az orgona hangzása fényesebb, csillogóbb legyen.
Az utolsó nagy átalakítás 1970 és 1972 között valósult meg. Az akkori felújítás és bővítés Koloss István, Fehér László, Bucsi László és Gergely Ferenc közreműködésével történt, a munkálatokat a Fővárosi Művészi Kézműves Vállalat Orgonaüzeme végezte. Ennek során a elülső, addig üresen álló orgonaszekrény 7 új regisztert kapott és így lett az orgona 4 manuálos. Ez az orgonamű, most a 4. manuál, a mellpozitív mű, a karzat mellvédjén helyezkedik el. A pneumatikus átvitelt az 1972-es felújításkor részben megszüntették és a traktúrát elektromosították. Ekkor bővítették jelentősebben az orgonát, az előbb említett mellső szekrény 7 regiszterével, továbbá ekkor kapott az orgona 10 új nyelvjátékot. Így az 1972-ben elkészült orgona 70 regiszteres lett, ebből 14 nyelvregiszter.
Az orgona 2003-ban egy nagy generáljavításon, tisztításon, intonáláson, hangoláson esett átt, melyet a Pécsi Orgonaépítő Manufaktúra végzett el. Ezen munkálatok során a pedálművet egy Trombita 8′ sípsorral egészítették ki, amelynek a helye már korábban is megvolt.
Így a jelenlegi orgona 4 manuálos, elektromos kupládás, 71 normál regiszterrel rendelkezik, melyből 15 nyelvregiszter. Az orgonában kb. 5200 síp található.
Az fenti összeállítást készítette Ujvári Csaba, a templom orgonistája. További képek találhatók a Galéria menüben a Templomfelújítás 2019-2020 címszó alatt.
Egyetemi templom 